Diplômé de l’école nationale des Ponts et Chaussées et docteur en économie des transports, il a commencé sa carrière dans les services du ministère de l’écologie.

De 2010 à 2013, il est ainsi chef de groupe au Cerema. Il y assiste des collectivités locales dans la réalisation de leurs plans de déplacements urbains, pilote des enquêtes sur les pratiques de déplacements et produit des études de trafic. En 2013, il rejoint le Commissariat Général au Développement Durable (CGDD) en tant que chef du bureau de l’analyse économique des transports. Il y réalise des études économiques, et notamment des travaux prospectifs sur l’évolution des besoins de mobilité et en particulier des projections de la demande de transports.

Depuis 2016, il était économiste au Forum International des Transports à l’OCDE. Il a entre autres travaillé sur les investissements en infrastructure nécessaires pour l’atteinte des objectifs de l’Accord de Paris. Il a aussi piloté un programme de recherche sur la tarification des transports et ses impacts sociaux.

Nicolas Wagner a rejoint l’ART le 1^er mai 2019 en tant que directeur du transport routier de voyageurs et des autoroutes.