Ingénieur de formation (ISEP), Yann Bonnet débute sa carrière en tant que consultant. Il rejoint le Conseil national du numérique en mars 2013 en qualité de rapporteur général. En 2015, il devient Secrétaire général. Convaincu que le numérique est à l’origine d’un changement profond de société, Yann Bonnet s’intéresse en particulier aux initiatives de gouvernement ouvert et à l’innovation sous toutes ses formes.
Il a été en charge du pilotage de la concertation nationale sur le numérique lancée par le Premier ministre en octobre 2014. Cette initiative vise à alimenter la construction de la stratégie numérique de la France au niveau national, européen et international. Elle a eu notamment comme résultat la loi République Numérique portée par Axelle Lemaire. Yann Bonnet a également piloté l’élaboration des rapports sur la fiscalité à l’heure du numérique (2013), le volet numérique des négociations du partenariat transatlantique de commerce et d’investissement (TTIP) entre les États-Unis et l’Union Européenne (2014), la lutte contre le terrorisme et le projet de loi sur le renseignement (2014/2015). Yann Bonnet est aussi membre bénévole du CSA Lab.